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我院进行高速高通量测序系统培训
2014-11-17 09:05  

11月14日上午9点在明理楼A336,我院进行高速高通量测序系统培训。illumina亚太区工程师高扬博士为大家进行了为期1天的样品文库制备、实验设计和仪器设备介绍的培训。培训分为两个板块,上午为师生进行高速高通量测序系统相关知识的讲述,下午在高速高通量系统所在实验室进行上机操作。

利用高速高通量测序系统进行测序主要分为三个部分:“文库构建”————“上机测序”————“数据分析”。

1. 文库构建:

1.1需要首先分离纯化DNA或RNA。定量准确后,利用Truseq Nano DNA/RNA smaple prep kit或Nextera/ Nextera XT DNA/RNA smaple prep kit 进行建库。

1.2根据所需功能不同,分为:

(1)转录组测序。可完成斑马鱼在内的多种植物、动物的转录组测序及分析。

(2)宏基因组16S rDNA单V区测序对16s rDNA的单V区(V3\V4)进行高通量测序,鉴定细菌群和古生菌群。

(3)Small RNA测序 1*35bp的读长配合了小RNA的测序长度,速度快,灵敏度高。

(4)重测序:包括全基因组重测序、简化基因组测序、外显子测序。

1.2建库后,需要对获得的文库进行分析:

(1) 利用安捷伦2100对仪器进行定性分析,根据峰图是否一致判断获得的文库是否断裂为仪器需要的片段,即对片段大小进行测定。

(2)利用荧光定量PCR仪,使用KAPA试剂盒对所获得文库进行定量测定,最终判断所构建文库是否符合要求。

2.上机测序:

进过准确定性定量分析的试剂才可以上机进行测序或表达。

每个试剂盒只能使用一次。使用后芯片不可取出,对仪器用含0.5%的吐温20进行3次清洗,清洗彻底后,仪器在室温23度左右处于开机状态。每周均需对仪器进行一次彻底清洗,以保证通道畅通。

图 片:

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